全基因组预测禾谷炭疽菌的分泌蛋白

• 作者: 韩长志
• 来源期刊: 生物技术
• 学科: 农学
• 关键词: 禾谷炭疽菌 分泌蛋白 信号肽 预测程序
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 36-41
• 页数: 6页
• 分类号: S436.35
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1004-311X.2014.02.0035

摘要

目的:禾谷炭疽菌侵染玉米、小麦等农作物引起的炭疽病,给农业生产造成了巨大经济损失.分泌蛋白在植物病原菌对植物侵染、定殖、扩展等致病过程中,发挥着重要作用.对禾谷炭疽菌分泌蛋白进行预测,并对其特征进行明确.方法:利用SignalP、ProtComp、TMHMM、big-PI Fungal Predictor和TargetP预测程序对禾谷炭疽菌中120 006条蛋白质序列进行分泌蛋白找寻,同时,对上述分泌蛋白的氨基酸分布、信号肽长度大小、信号肽切割位点以及理化性质等进行分析.结果:禾谷炭疽菌含有分泌蛋白为630个,其氨基酸长度多集中于100 ～600 aa之间;信号肽长度以17～ 20个aa的序列最为集中;信号肽切割位点属于A-X-A类型;分泌蛋白在分子量、等电点、稳定系数方面均存在差异,但大多数分泌蛋白属于亲水性蛋白.此外,上述分泌蛋白中,具有预测功能的蛋白为330个,其功能较多的集中于酶类,包括α-半乳糖苷酶、β-木聚糖酶、β-木糖苷酶等.结论:通过上述生物信息学分析方法有效地实现了禾谷炭疽菌分泌蛋白的预测,分泌蛋白的信号肽切割位点类型与已经报道的致病疫霉、粗糙脉孢霉等分泌蛋白信号肽切割位点一致,分泌蛋白功能涉及较多的酶类,也与其他已经报道的病菌分泌蛋白功能相类似.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	韩长志		74	325	9.0	16.0