燕麦核不育雄蕊转录组测序及分析

• 作者: 乔治军 刘龙龙 周建萍 崔林 张丽君 范银燕 马名川
• 来源期刊: 草地学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 燕麦 雄蕊 RNA-seq 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 352-358
• 页数: 7页
• 分类号: Q943.1|Q944.58
• 字数: 5263字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11733/j.issn.1007-0435.2014.02.022

摘要

以重组自交构建的燕麦(Avena L.)近等基因系为研究对象,通过构建转录组测序文库并进行Illumina RNA-seq双端测序及生物信息学分析,了解雄蕊生长发育过程,特别是花粉发育基因调控过程.共获得原始数据23.13Gb,有效数据20.61 Gb.通过de novo拼接,获得的unigene总长度约为95.95 Mb,均contig长度为716 nt,N50长度为1.07 kb.转录物注释结果显示,82992条转录物序列具有同源比对信息,COG和GO功能分类工具分别将已注释转录物序列划分为25个和56个功能类别.通过对2个材料间转录物序列及表达水平比较,初步确定在雄蕊形成过程中3643条序列表达量上调,50条序列表达量上调10倍以上;12312条序列表达量下调,2041条序列表达量下调10倍以上.