Analysis of promoters of microRNAs from a Glycine max degradome library

• 来源期刊: 浙江大学学报（英文版）（B辑：生物医学和生物技术）
• 学科: 生物学
• 关键词: 大豆 MicroRNA(miRNA) 启动子 顺式作用元件 预测
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 页码范围: 125-132
• 页数: 8页
• 分类号: Q522+.6
• 语种: 英文
• DOI: 10.1631/jzus.B1300179

摘要

本文题目：大豆降解组文库microRNAs的启动子分析Analysis of promoters of microRNAs from a Glycine max degradome library研究目的：通过分析 miRNA 的核心启动子和顺式作用元件为进一步解析大豆（Glycine max）miRNAs表达调控及其功能研究提供重要信息。创新要点：利用生物信息学方法全面解析了大豆降解组文库miRNA的启动子特征，并依据顺式作用元件及靶基因构建了miRNA的表达与生长素响应因子、赤霉素响应因子之间存在潜在的负反馈调控网络。研究方法：本研究利用TSSP程序和PlantCARE数据库预测了来自大豆降解组文库的440个miRNA的核心启动子以及369个miRNAs的顺式作用元件，并依据顺式作用元件及靶基因构建miRNA调控网络。重要结论：83.86%的miRNA在其上游序列中含有启动子，8.64%的miRNA在其下游序列中含有启动子，21.59%的miRNA包含增强子。核心启动子的TATA盒与转录起始位点（TSSs）的分布相似（见图2）。此外，对转录起始位点5'端的顺式作用元件预测为miRNAs的可能功能和表达的时空性提供了线索。miRNAs的顺式作用元件和靶基因的分析显示，部分miRNA的表达与生长素响应因子、赤霉素响应因子之间存在潜在的负反馈调控（见图3）。