人肠道病毒A71型分离株全基因组序列及毒力相关位点分析

• 作者: 刘晓峰 刘爱平 张勇 谢群 谭徽 陈柏塘
• 来源期刊: 病毒学报
• 学科: 医学
• 关键词: 人肠道病毒A71型 全基因组序列 毒力 基因重组 基因突变
• 年，卷（期）: 2014,（5）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 572-578
• 页数: 7页
• 分类号: R373.2+4
• 语种: 中文

摘要

为了解人肠道病毒A71型(Enterovirus A71,EV-A71)的基因重组和遗传进化特征,探索其毒力相关位点.本研究通过对郴州市3株EV-A71分离株进行全基因组序列测定和分析,应用RDP软件(版本4.1.6)将其与231条EV-A71全基因组序列进行比较分析,检测可能的重组事件及重组位点;采用SimPlot软件(版本号3.5.1)对重组序列、2条亲本序列和其他A组肠道病毒(EV-A)代表株序列进行相似性分析;采用MEGA软件(版本5.2)构建系统发生树;结果发现郴州市3株EV-A71毒株均检测到重组信号,其共同的亲本主序列为广东省2009年毒株,亲本亚序列为中国台湾地区2008年毒株;我国C4b进化分支EV-A71代表株(分离于1998年的SHZH98株)和C4a进化分支EV-A71代表株(分离于2008年的安徽阜阳株)均与CVA4、CVA14及CVA16原型株在3D区域检测到型间重组信号.采用SPSS软件(版本19.0)对不同病例类型的变异位点作卡方检验以筛选出可能的毒力相关位点.发现死亡病例组与重症病例组间未找到具有统计学意义的突变位点;而死亡与重症病例合并组与一般病例组进行比较,共发现18个突变位点具有统计学意义,这些突变位点仅分布于P2区和P3区,而P1区未见.我国大陆的EV-A71流行株与EV-A其他毒株的型间重组早在1998年前即已经发生,并且在2008～2012年的手足口病暴发疫情中,EV-A71的型内重组频繁发生.此外,EV-A71毒力的改变可能与非衣壳蛋白区的变异相关,因此应该关注非衣壳蛋白基因改变对病毒毒力的影响.