基于代谢网络拓扑结构的基元模块发现方法

• 作者: 操勇 郑浩然
• 来源期刊: 北京生物医学工程
• 学科: 医学
• 关键词: 代谢网络 拓扑 模块 基元模块
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 139-143
• 页数: 5页
• 分类号: R318.04
• 字数: 3718字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-3208.2014.02.06

摘要

目的 为提取出物种代谢网络具有的基本结构模块即基元模块,提出一种基于拓扑结构的发现代谢网络基元模块方法.方法 首先利用网络模块化方法将不同物种的代谢网络划分为模块集合,然后通过合并相似的模块以及分解较大的代表模块等操作,最终获得基元模块集合.同时,利用超几何假设检验的方法以确定模块所具有的代谢功能,并在此基础上验证发现基元模块方法的合理性.结果 对KEGG数据库中的1452个物种代谢网络经上述方法处理后,最终得到11446个基元模块,并且这些基元模块能够很好地表示代谢网络.结论 提出了一种基于代谢网络拓扑结构的发现基元模块的方法,该方法能够有效提取出组成物种代谢网络的基元模块.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郑浩然	中国科学技术大学计算机科学与技术学院	59	470	10.0	21.0
2	操勇	中国科学技术大学计算机科学与技术学院	1	0	0.0	0.0