梨反转录转座子逆转录酶序列预测及其进化和转录分析

• 作者: 滕元文 蒋爽 蔡丹英
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 梨 Ty1-copia Ty3-gypsy 逆转录酶 预测
• 年，卷（期）: 2014,（11）
• 所属期刊栏目: 果树
• 页码范围: 2196-2207
• 分类号: S661.2
• 语种: 中文

摘要

基于生物信息学方法对‘酥梨’基因组中不同类型的逆转录酶进行预测,共获得345条copia 类和99条gypsy类逆转录酶.通过系统聚类,copia类逆转录酶可分为Ivana、Ale、TAR、Angela、Maximus 和Bianca等6类;gypsy类逆转录酶可分为Athila、Tat、CRM、Reina和Tekay等5类.序列比对结果显示梨中逆转录酶具有较高的异质性,copia类逆转录酶序列分歧度为0.44,gypsy类为0.38.挑选出8类逆转录酶设计引物,并对梨属其它植物进行PCR扩增,结果显示这8类逆转录酶广泛存在于梨属植物中.在砂梨品种‘圆黄’的叶片、种子和果实中均发现该8类逆转录酶存在一定的转录水平,这是首次发现在梨属植物正常生长组织中逆转录酶发生转录.