利用高通量测序技术分析核桃基因组微卫星特征1）

• 作者: 廖卓毅 张得芳 戴晓港 李淑娴 马秋月
• 来源期刊: 东北林业大学学报
• 关键词: 核桃 微卫星 碱基重复类型 长度分化
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 页码范围: 65-68,82
• 页数: 5页
• 分类号: Q784
• 语种: 中文

摘要

利用454高通量测序技术对核桃（ Juglans regia）基因组进行了部分测序，并利用测得的序列进行核桃基因组微卫星特征分析。结果表明：研究共测得了104．5 Mb的核桃基因组序列，经序列组装得到了9787个微卫星重复序列。其中六碱基重复类型的重复数目最多，共5883个，占重复序列总数的60．11％；其次是单碱基重复类型（1289个）和四碱基重复类型（889个），分别占重复序列总数的13．17％和9．07％；另外二碱基重复768个，三碱基重复549个，五碱基409个，分别占重复序列总数的7．85％、5．61％和4．18％。在单碱基重复类型中，重复单元最多的为A/T；二碱基重复中，AT/TA和AG/CT为主要优势重复类型；三碱基、四碱基和六碱基重复类型中，AAN、AAAN和AAAAAN是主要的优势重复类型；五碱基重复类型中，AGATG和AAAAT 是主要的优势重复类型。在核桃微卫星序列中，A/T碱基含量丰富，而C/G碱基含量相对较少。试验还对核桃基因组微卫星的长度及各碱基重复类型的长度分化进行了研究，结果发现核桃基因组微卫星以第二类（长度＜20 bp）为主，且长碱基重复类型较短碱基重复类型长度分化程度低，稳定性高。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	廖卓毅		1	2	1.0	1.0
2	马秋月		1	2	1.0	1.0
3	戴晓港		1	2	1.0	1.0
4	张得芳		1	2	1.0	1.0
5	李淑娴		1	2	1.0	1.0