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Illumina高通量测序技术分析早产儿出生后肠道菌群变化的初步研究
Illumina高通量测序技术分析早产儿出生后肠道菌群变化的初步研究
作者:
张澜
方剑火
曹云
杨毅
田埂
郎继东
陈娜
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
早产儿
肠道菌群
败血症
高通量测序
摘要:
目的:初步探讨NICU早产儿出生后肠道菌群变化特征及其与败血症的关系。方法以复旦大学附属儿科医院NICU住院的早产儿为研究对象,于出生后第1天采集胎粪,之后于每周龄时或评估败血症时采集粪便样本,直至出院或生后8周。采用 Illumina 高通量测序技术对粪便样本中所有细菌的16S rRNA-V3区进行 DNA 测序,应用MG-RAST V3.3.6分析和统计样品序列数目、操作分类单元( OTU)数量,分析肠道菌群物种丰度和分布,并进行聚类分析。结果3例早产儿共采集生后1、7、14和21 d的12份粪便样本,其中5份样本pCR扩增失败,7份样本(例1生后14、21 d;例2生后7、21 d;例3生后7、14、21 d)DNA测序成功进入分析。3例早产儿平均胎龄为(31.3±0.8)周,平均出生体重为(1540±144)g。3例均生后应用抗生素,其中例1母亲有产前抗生素暴露史;例2在住院过程中发生全身炎症反应综合征。①7份样本稀疏曲线表明测序深度充分。物种多样性分析显示OTU值为381~608,微生物丰度较高,且与日龄呈正相关,其中例2生后7 d样本肠道菌群多样性最低;②7份样本共检测到18个菌门,均以放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门为优势菌门;变形菌门在例1生后14和21 d样本分别占97.52%和49.11%,放线菌门在例2生后7 d样本占99.46%;③共检测到172个科,其中63科为7份样本共有;相对丰度≥1%的科共检测到10个,例2生后7 d样本棒状杆菌科占97.90%,21 d样本中葡萄球菌科占27.16%;④聚类分析显示,同一研究对象不同时点肠道微生物相似性较高。结论早产儿产前抗生素暴露及出生后早期抗生素暴露可能会显著降低肠道微生物的多样性,影响正常菌群的定植。发展为败血症的早产儿生后肠道微生物多样性较低,以致病菌占优势的肠道微生物区可能与败血症的发生相关。
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文献信息
篇名
Illumina高通量测序技术分析早产儿出生后肠道菌群变化的初步研究
来源期刊
中国循证儿科杂志
学科
关键词
早产儿
肠道菌群
败血症
高通量测序
年,卷(期)
2014,(5)
所属期刊栏目
研究方向
页码范围
359-364
页数
6页
分类号
字数
5093字
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1673-5501.2014.05.007
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
杨毅
106
892
15.0
23.0
2
陈娜
10
51
3.0
7.0
3
曹云
126
1359
21.0
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4
田埂
清华大学医学院
4
104
3.0
4.0
5
方剑火
清华大学医学院
2
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1.0
2.0
6
郎继东
清华大学医学院
3
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3.0
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张澜
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传播情况
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引文网络
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败血症
高通量测序
研究起点
研究来源
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研究去脉
引文网络交叉学科
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期刊影响力
中国循证儿科杂志
主办单位:
复旦大学
出版周期:
双月刊
ISSN:
1673-5501
CN:
31-1969/R
开本:
大16开
出版地:
上海市万源路399号
邮发代号:
4-394
创刊时间:
2006
语种:
chi
出版文献量(篇)
1504
总下载数(次)
4
总被引数(次)
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