Molecular variability and evolution of a natural population of tomato yellow leaf curl virus in Shanghai, China

• 来源期刊: 浙江大学学报（英文版）（B辑：生物医学和生物技术）
• 学科: 农学
• 关键词: 分子变异 番茄黄化曲叶病毒(TYLCV) 双生病毒 进化
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 页码范围: 133-142
• 页数: 10页
• 分类号: S432.1
• 语种: 英文
• DOI: 10.1631/jzus.B1300110

摘要

本文题目：番茄黄化曲叶病毒自然种群的分子变异和进化研究Molecular variability and evolution of a natural population of tomato yellow leaf curl virus in Shanghai, China研究目的：2006年我国上海首次发现番茄黄化曲叶病毒（TYLCV），随后 TYLCV迅速蔓延至全国13个省份和自治区。本研究分析了2006至2010年期间 TYLCV在我国首发地上海市的分子变异规律。创新要点：本研究持续五年追踪田间TYLCV，分析TYLCV的全长基因组序列、分子变异及种群遗传结构，为防控TYLCV提供理论依据。研究方法：2006至2010年从上海采集了26个 TYLCV 的分离物，利用高保真性的滚环扩增技术获得TYLCV分离物的全长基因组。应用MEGA5等生物信息学软件分析TYLCV的分子变异。重要结论：TYLCV自然种群具有与RNA病毒相似的突变率，以基因间隔区的分子变异最大，平均突变率为4.81×10-3（见图2和表2）。TYLCV的大部分基因都处于负向选择，但包含在C1开放阅读框内的C4，却与C1承受着不同的选择压而处于正向选择（见图3和表6）。