长尾草金鱼成熟期雌雄性腺 RN A-Seq 转录组分析

• 作者: 付成东 史东杰 孙砚胜 张升利 张欣 李文通 梁拥军
• 来源期刊: 水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 金鱼 性腺 转录组 微卫星 单核苷酸多态性
• 年，卷（期）: 2014,（12）
• 所属期刊栏目: 研究与应用
• 页码范围: 800-806
• 页数: 7页
• 分类号: S917.4
• 字数: 6401字
• 语种: 中文

摘要

为探究长尾草金鱼成熟期雌雄性腺的RNA‐Seq转录组，运用Illumina RNA测序技术，对长尾草金鱼成熟期性腺分别进行了转录组测序。其中卵巢经两端测序共获得清洁数据61769892条，含有6．18G碱基，平均错误率0．03％，左右端测序GC含量分别为51．15％和51．2％。精巢经两端测序共测得清洁数据69557514条，含有6．96G碱基，平均错误率0．03％，左右端测序GC含量分别为48．91％和49．44％。两个转录组数据混合拼接后得到170245个转录本，共80591个独立基因。将上述独立基因与多个数据库进行比对，得到注释的基因为51364条，占总数的63．73％。基因本体分类中，细胞过程、细胞、绑定等二级分类为条数较多分类项。转录组数据经筛查共得到17347个微卫星标记和363416个单核苷酸多态性标记。两个转录组基因表达量差异比较结果显示，雌雄样本间表达差异基因共6317个。上述工作不仅为该种的基因克隆和标准及筛选提供了基础数据，也为分子水平阐明其性腺分化和发育机理打下了基础。