传染性造血器官坏死病毒-Sn1203株的基因型及糖蛋白的生物信息学分析

• 作者: 刘红柏 卢彤岩 尹家胜 徐黎明
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 传染性造血器官坏死病毒 糖蛋白 生物信息学分析 IHNV基因型
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 180-188
• 页数: 9页
• 分类号: Q785|S917
• 字数: 4903字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1118.2014.00180

摘要

利用鲤(Cyprinus carpio)上皮细胞(epitheliaoma papulosum cyprini, EPC)培养传染性造血器官坏死病毒-Sn1203分离株(IHNV-Sn1203),根据GenBank中IHNV G蛋白基因开放阅读框(open reading frame, ORF)的序列设计引物(GenBank序列编号AB288207),采用RT-PCR的方法克隆得到IHNV-Sn1203株G蛋白全长ORF,克隆至表达载体pET27b(+)中,构建了pET27-G重组质粒,并进行了测序分析。生物信息学分析结果显示, IHNV-Sn1203株G蛋白基因序列长度为1527 bp,与韩国株具有最高的核酸同源性(96.86%)和氨基酸同源性(97.05%)。该基因编码508个氨基酸残基,推导分子量约为56.55 kD,等电点为6.15；氨基酸序列分析表明, G蛋白富含丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸,存在28个潜在的磷酸化位点；存在4个潜在的N-糖基化位点和7个潜在的O-糖基化位点；G蛋白N端含有20个氨基酸的信号肽；亲水性大于输水性；位于483~508位氨基酸存在一跨膜区；抗原表位预测显示抗原性良好；系统进化树分析显示, IHNV-Sn1203株与日本株和韩国株聚为一簇,都属于JRt基因型。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	尹家胜	中国水产科学研究院黑龙江水产研究所	165	2289	27.0	37.0
2	刘红柏	中国水产科学研究院黑龙江水产研究所	102	1157	17.0	29.0
3	卢彤岩	中国水产科学研究院黑龙江水产研究所	150	1526	19.0	31.0
4	徐黎明	中国水产科学研究院黑龙江水产研究所	26	65	5.0	6.0