线虫体内新piRNA研究

• 作者: 孙旭滨 崔东亚 张鹏 王佳佳 阿顺民 黄大卫
• 来源期刊: 生物化学与生物物理进展
• 关键词: 线虫 piRNA 预测 新piRNA PRG-1
• 年，卷（期）: 2014,（12）
• 所属期刊栏目: 研究快报
• 页码范围: 1228-1234
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1206.2014.00072

摘要

PIWI-interacting RNAs(piRNA)是一类内源性小RNA,负责抵御转座子和转基因对基因组的入侵.已发现1.6万多种piRNA,在piRNA上游存在保守序列,根据上游序列特征可以预测新的piRNA.将线虫同步化培养至LA时期,分别提取野生和prg-1突变样本中的小RNA,并对其进行高通量测序.基于piRNA上游保守序列特征,在野生线虫L4时期中,发现了967种新piRNA,这些新piRNA在prg-1突变后表达消失.新piRNA的基因座集中分布在四号染色体的2个piRNA簇内,首位碱基以U为主.与已发表的成虫发育时期的PRG-1免疫共沉淀数据比对,发现有153种piRNA存在于与PRG-1免疫沉淀的数据中.同时还发现一些只在野生线虫中表达的non-2 1nt小RNA,它们与已知piRNA的基因座相同,推测这些non-21 nt小RNA可能是其piRNA前体加工的产物.总之,通过小RNA测序,在线虫中发现了一些新的piRNA.