以新疆2013年前审定的51个新陆早常规棉花品种为材料,从5000对 SSR 引物中筛选出多态性高、稳定性好、且定位在棉花26条染色体上(每条染色体上选择2~3对)的75对核心引物,检测到多态性位点226个,每个标记检测到的基因型位点数在2~12之间,平均为3.01个;引物多态信息量(PIC)值介于0.0799~0.8752之间,平均值为0.6624。结果显示,在51份新陆早棉花常规品种中,可利用特征引物将21份品种一次性区分开。利用40对引物可以完全区分开新陆早51份常规品种,并构建供试品种的指纹图谱。同时利用 NTSYS-pcV2.10软件聚类分析表明,51个新陆早棉花品种遗传相似系数变化范围为0.4269~0.9873,平均值为0.7071,说明新陆早棉花品种之间遗传多样性较狭窄;遗传相似系数矩阵和聚类分析将51个新陆早品种分为4大类型,与原品种选育系谱高度吻合。