Miseq高通量测序平台用于一起疑似经性传播HIV的溯源调查

• 作者: 张桂云 时丽丽 温玉洁 潘品良 蒋岩 赵琦 邱茂锋
• 来源期刊: 中华预防医学杂志
• 关键词: HIV 分子流行病学 疾病传播 新一代测序技术 准种
• 年，卷（期）: 2014,（6）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 471-475
• 页数: 5页
• 字数: 2969字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.0253-9624.2014.06.010

摘要

目的 建立分析HIV准种的Miseq高通量测序(简称Miseq测序)技术,并尝试用于一起疑似经性传播HIV的溯源调查.方法 采集疑似有传播关系的2例HIV感染者(编号P1、P2)血液样本,并以同一城市与他们无直接传播关系的2例HIV感染者(编号P3、P4)为对照.提取血浆中RNA,逆转录后进行HIV基因亚型分析和Miseq测序.根据测序结果分析样本中HIV的准种分布,比较使用优势准种数目由少到多(5、20、100、500、全部)时所得的基因离散率及系统进化树.结果 4份样本中HIV的基因亚型相同,均为HIV-1重组亚型(CRF) 01 _AE.采用Miseq测序,每份样本获得23 788～37 397条有效核酸序列,代表1 229～1 412个独特准种.P2与P1间的平均基因离散率(3.5％～4.5％)远小于与对照样本间(10.3％ ～ 19.6％,P＜0.01).系统进化树结果显示,P1和P2的准种聚集在一起,而P3和P4的各自单独聚为一簇;当所用的优势准种数目为20或更多时,P1对P2存在并系关系,提示HIV的传播方向是从P1到P2.结论 Miseq测序在HIV感染溯源调查中可以推断传播关系和传播方向,其操作较简便、检测成本较低,具有较高的实用价值.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	蒋岩	中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心	102	779	14.0	24.0
2	张桂云	中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心	10	95	5.0	9.0
3	潘品良	中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心	21	122	7.0	10.0
4	赵琦	中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心	4	19	2.0	4.0
5	温玉洁	中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心	2	11	1.0	2.0
6	时丽丽		1	11	1.0	1.0