剑麻茎腐病菌基因组SSR标记开发

• 作者: 严传帝 刘巧莲 吴伟怀 易克贤 李锐 贺春萍 郑肖兰 郑金龙
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 黑曲霉 剑麻 SSR标记
• 年，卷（期）: 2014,（4）
• 所属期刊栏目: 作物病虫害及防治
• 页码范围: 758-763
• 页数: 6页
• 分类号: Q78|S432.4
• 字数: 3735字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2014.04.024

摘要

下载Aspergillus niger ATCC 1015菌株全基因组序列,利用GRAMENE网站提供的SSR鉴定工具SSRIT(Simple Sequence Repeat Identification Tool),并按含有2～10个碱基重复、碱基数在18 bp以上的SSR基元为标准进行SSR鉴定.结果从A.niger ATCC 1015全基因组中,共发现4 000个2～10碱基SSR,其中含9个碱基重复基元类型最多,共有1 433个,占所鉴定SSR总数的35.8％.其次为6个碱基重复基元类型,共有753个,占SSR总数的18.8％;接着为3个碱基重复类型,共有547个,占13.6％.从鉴定出来的SSR中,选择含有SSR的合适区段.从中设计了36对引物,对剑麻茎腐病菌17个菌株的基因组DNA进行了PCR检测,发现这些引物都能从剑麻茎腐病菌基因组DNA中有效扩增.由此表明,黑曲霉ATCC 1015菌株基因组SSR在剑麻茎腐病菌基因组中具有通用性.这为研究剑麻茎腐病菌群体遗传变异、多样性和进化,定位和克隆功能基因等提供了分子标记.