微藻(Chlorella sorokiniana)的转录组分析:油脂生物合成相关的途径解析和基因挖掘

• 作者: 李林 杨海麟 王武 王钦宏
• 来源期刊: 微生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 微藻 Chlorella sorokiniana 三酰甘油 淀粉 RNA-seq
• 年，卷（期）: 2014,（9）
• 所属期刊栏目: 生理与代谢
• 页码范围: 1010-1021
• 分类号: Q935
• 语种: 中文
• DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.2014.09.006

摘要

[目的]为了构建和改造产油微藻(Chloralla sorokiniana),需要从基因组水平解析脂肪酸、三酰甘油、淀粉等生物大分子的合成和降解途径,并分析和确定其中的重要基因.[方法]本研究选取了初始氮浓度分别为KNO3∶8g/L和KNO3∶2 g/L的培养条件培养微藻C.sorokiniana,培养至84h收集藻细胞进行Illumina Hiseq2000双端测序,利用Trinity进行de novo拼接,得到的转录本通过Nr数据库、UniProtKB/Swiss-Prot数据库、COG数据库进行功能注释及分类,通过KEGG数据库进行相关代谢途径注释.最后利用RSEM计算每个转录本的RPKM值,并对相关代谢途径中的转录本的表达差异进行了初步分析.[结果] IlluminaHiseq2000双端测序共获得49M 100 bp的raw reads,de novo拼接得到49885个转录本,其长度范围在300bp到14100bp之间,N50为1941 bp.其中26479个转录本成功注释到功能,2357个转录本注释到了EC编号,利用这些转录本注释到207条代谢途径.在此基础上构建了C.sorokiniana的脂肪酸、三酰甘油、淀粉等生物大分子的合成及降解途径.并初步确定了代谢途径中基因的上调及下调水平.[结论]通过RNA-seq分析实现了对非模式藻株C.sorokiniana的基因组解析,在此基础上构建了脂肪酸、三酰甘油、淀粉的生物合成和降解途径及重要基因,所构建的代谢途径与模式藻株莱氏衣藻是一致的,并比较了相关途径中的基因的表达差异,这些信息有助于将来对微藻进行遗传改造提高其产油能力.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王武	江南大学工业生物技术教育部重点实验室	124	898	16.0	22.0
2	杨海麟	江南大学工业生物技术教育部重点实验室	104	690	14.0	20.0
3	李林	江南大学工业生物技术教育部重点实验室	89	1043	18.0	31.0
5	王钦宏	中国科学院天津工业生物技术研究所中国科学院系统微生物工程重点实验室	22	76	5.0	8.0