大豆基因组GmSRK及其同源基因的生物信息学分析

• 作者: 孙晓丽 成舒飞 才华 朱延明 端木慧子 纪巍 赵超越 钱雪
• 来源期刊: 大豆科学
• 学科: 农学
• 关键词: 大豆 GmSRK 类受体蛋白激酶 生物信息学
• 年，卷（期）: 2014,（4）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·分子生物学
• 页码范围: 497-501
• 分类号: S565.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.11861/j.issn.1000-9841.2014.04.0497

摘要

以野生大豆GsSRK氨基酸序列为检索序列,在Phytozome数据库中查找大豆基因组中其同源基因GmSRK.利用Phytozome数据库以及MEGA5.0,ClustalX等软件挖掘大豆基因组GmSRK同源基因,最终确定同源性较高的2个基因Glyma12g21640和Glyma08g06550.对GmSRK、Glyma12g21640和Glyma08g06550这3个基因进行基因结构,染色体定位,蛋白理化性质、一级、二级结构分析,结果表明三者均含有6个内含子,7个外显子;定位于3条不同染色体上;都具有B-lectin,S_locus_glycop,PAN_AP以及S_TKc四个结构域,属于G-type外源凝集素类受体蛋白激酶.进化树分析发现GmSRK与Glyma12g21640亲缘关系最近且与四季豆、苜蓿中同源蛋白聚为一支,Glyma08g06550与拟南芥RLKs亲缘关系较近.