以陆地棉中棉所36为轮回亲本和海岛棉海1为供体亲本,构建染色体片段代换系.为了能检测到稳定的株高QTL,将三个代换系群体(BC5F3,BC5F3∶4和BC5F3∶5)在5个环境中种植,2009年和2010年分别在河南安阳种植BC5F3单株、BC5F3∶4株行,2011年分别在河南安阳、辽宁辽阳和新疆石河子种植BC5F3∶4株系.结果表明,在不同群体环境中株高的超亲比例为53.43%~88.97%.从早期构建的总图距为5088.28 cM, 含有2280个SSR标记位点,覆盖26条染色体的遗传连锁图谱中筛选标记,对408个单株进行的SSR鉴定,结果检测到16个株高QTL,分布在10条染色体上.单个QTL解释的表型变异为7.35%~13.17%.有7个QTL在2个以上环境被检测到.与标记MUSS563紧密连锁的qPH-15-19在一个环境中被检测到,在前人的研究中也有报道.这些结果为进一步精细定位QTL、基因克隆、分子辅助选择等研究奠定基础.