茶树花转录组微卫星分布特征

• 作者: 张成才 成浩 王丽鸳 韦康
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 茶树 微卫星 花 转录组
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种植资源·分子遗传学
• 页码范围: 80-85
• 页数: 6页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1006.2014.00080

摘要

利用Perl语言,对茶树花转录组序列进行大通量SSR位点的发掘,发现含SSR的序列10 290条,共12 582个SSR,平均2.41 kb出现一个SSR.在茶树花的转录组中共发现340种碱基重复模式,所占比例最高的是(AG/CT)n(44.99％).在49 586条注释成功的茶树花Unigene中,共发现10 490个SSR位点,其中位于编码区的1917个,其出现频率仅为0.102 SSR/1000 bp,而非编码区为3.072 SSR/1000 bp.在基因编码区中出现频率最高的是三碱基微卫星(1140,59.5％),其次是六碱基微卫星(524,27.3％).茶树花转录组所含微卫星以重复长度小于20 bp的序列最多,大于20 bp的仅为25.2％.茶树花转录组中,含微卫星基因的平均表达水平显著低于不含微卫星基因,其中含复杂微卫星基因的平均基因表达水平最低.