靶向基质金属蛋白酶14类血红素结构域特异活性位点的确定及反义肽虚拟筛选

• 作者: 周毅洁 茆灿泉 谭博文 黄婷婷
• 来源期刊: 生物技术通讯
• 学科: 生物学
• 关键词: 基质金属蛋白酶14 类血红素结构域 反义肽 对接 虚拟筛选
• 年，卷（期）: 2014,（5）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 605-610,615
• 页数: 7页
• 分类号: Q811.4
• 字数: 4829字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1009-0002.2014.05.001

摘要

目的:确定基质金属蛋白酶14(MMP-14)类血红素结构域(HPX14)特异活性位点,虚拟筛选获得能与HPX14特异结合的短肽.方法:用metaPocket预测HPX14的活性口袋,多序列比对分析活性口袋的氨基酸残基特异性;基于M-I和R-B理论设计以特异活性位点为正义肽的反义肽库,并进行虚拟筛研究及结合特异性确定.结果:生物信息学分析确定了KGRGLTD为HPX14的特异活性位点,并构建了其1036条反义肽;通过2轮虚拟筛选,获得10条得分居前的与HPX 14结合较好的反义肽,它们与HPX14具有较高的亲和力,并可能影响MMP-14同源二聚体的形成和MMP-14活性的抑制;VSETAPF、IGEPPPF是对接打分最好的2条短肽,与HPX14的结合具有特异性.结论:KGRGLTD是HPX14的特异活性位点,虚拟筛选得到的VSETAPF、IGEPPPF等反义肽与HPX14具有较高的亲和力,这为基于MMP-14的HPX结构域的靶向小分子多肽先导药物的发现提供了重要的前期工作基础与新思路.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	茆灿泉	西南交通大学生命科学与工程学院分子进化与应用生物学实验室	42	243	10.0	14.0
2	谭博文	西南交通大学生命科学与工程学院分子进化与应用生物学实验室	3	8	2.0	2.0
3	周毅洁	西南交通大学生命科学与工程学院分子进化与应用生物学实验室	1	2	1.0	1.0
4	黄婷婷	西南交通大学生命科学与工程学院分子进化与应用生物学实验室	5	3	1.0	1.0