基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发

• 作者: 付鹏程 张发起 张金华 李印虎 王久利 邢睿 陈世龙 高庆波
• 来源期刊: 微生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 454焦磷酸测序 黄绿蜜环菌 微卫星 遗传多样性 青藏高原
• 年，卷（期）: 2014,（9）
• 所属期刊栏目: 生态与环境微生物
• 页码范围: 1045-1052
• 分类号: Q933
• 语种: 中文
• DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.2014.09.009

摘要

[目的]本研究利用454焦磷酸测序技术,对青藏高原黄绿蜜环菌(Armillaria luteo-virens)转录组进行测序,从获得的Expressed sequence tags(EST)序列中开发EST-SSR引物.[方法]利用高通量测序获得的EST序列设计微卫星引物,通过PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳检测筛选出合格的微卫星引物.[结果]共得到了1997121条reads,总数据量超过80Mb,序列平均长度为449bp.对于所获得的reads进行拼接后得到了22236条非冗余的EST序列,其中含有2024条contigs(平均读长974bp)和20212条singletons(平均读长404bp).在所有序列中共找到321条符合条件的含有SSR的序列,从中随机选择98对,成功开发出27对具有多态性条带的微卫星引物.利用采集自3个不同居群的66个个体对上述27对引物进行验证,有17对引物符合Hardy-Weinberg平衡且没有连锁不平衡现象.[结论]首次成功利用高通量测序技术开发的EST-SSR引物将会对今后黄绿蜜环菌遗传多样性的研究以及种质资源鉴定、遗传图谱构建等打下了坚实基础.