基于NCBI序列数据发掘用于鉴定中国药典基原植物的基因芯片探针研究

• 作者: 匡菊香 姚晓东 张建永 张玉金 杨建文 聂绪强
• 来源期刊: 中药材
• 学科: 医学
• 关键词: 探针 鉴定 基原植物 中国药典 Matlab
• 年，卷（期）: 2014,（11）
• 所属期刊栏目: 鉴别
• 页码范围: 1987-1991
• 分类号: R282.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.13863/j.issn1001-4454.2014.11.019

摘要

目的:基于NCBI数据库中相关药用植物DNA片段,分析得到用于鉴定2010年版中国药典所涉及基原植物的DNA探针.方法:首先,从中国药典中整理得到各基原植物的拉丁学名;其次从NCBI数据库中分别下载各基原植物的ITS、matK、rbcL、sb K-psbI、trn H-psbA片段;下载片段通过Array Designer 4.2分析出探针;最后,采用计算机软件Matlab对各探针在其来源种中进行通用性分析,在其来源种外进行保守性分析,以此确定该探针的特异性.结果:从2010年版中国药典整理得到586个基原植物的拉丁学名,配合5个基因片段为检索条件,从NCBI中共搜索下载7 613条序列,总共分析得到315 436个探针.通过通用性、保守性分析后,得到特异性探针13 814个,理论上可检测鉴定基原植物376种.因NCBI数据库中缺少相关基因片段或其序列缺少特异性,尚有210种中国药典涉及的基原植物未能分析得到对应探针.结论:该研究结果将为药用植物鉴定芯片的进一步开发提供至关重要的信息支撑,其探针发掘方法可被广泛借鉴,研究结果同时也指明了后一阶段需重点测序的基原植物种类.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨建文	遵义医学院药学院	35	170	7.0	10.0
2	姚晓东	遵义医学院药学院	13	42	5.0	6.0
3	匡菊香	遵义医学院药学院	19	50	4.0	6.0
4	张玉金	遵义医学院药学院	10	44	3.0	6.0
5	张建永	遵义医学院药学院	25	133	6.0	11.0
6	聂绪强	遵义医学院药学院	17	60	4.0	7.0