基于高通量测序的海滨雀稗转录组学研究

• 作者: 佘建明 叶晓青 孙晓波 梁丽建 贾新平 邓衍明
• 来源期刊: 草业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 海滨雀稗 转录组 高通量测序 基因注释 SSR
• 年，卷（期）: 2014,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 242-252
• 页数: 11页
• 分类号: S543.903|Q943.2
• 字数: 8597字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11686/cyxb20140629

摘要

采用新一代高通量测序技术 Illumina HiSeq 2000对海滨雀稗叶片转录组进行测序，结合生物信息学方法开展基因表达谱研究和功能基因预测。通过测序，获得了47520544个序列读取片段（reads），包含了4752054400个碱基序列（bp）信息。对 reads 进行序列组装，获得81220个单基因簇（unigene），平均长度1077 bp，序列信息达到了87542503 bp。另外从长度分布、GC 含量、表达水平等方面对 unigene 进行评估，数据显示测序质量好，可信度高。数据库中的序列同源性比较表明，46169个 unigene 与其他生物的已知基因具有不同程度的同源性。海滨雀稗转录组中的 unigene 根据 GO 功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程三大类48个分支，其中有大量 uni-gene 与代谢进程、结合活性和细胞进程相关。将 unigene 与 COG 数据库进行比对，根据其功能大致可分为25类。KEGG 数据库作为参考，依据代谢途径可将 unigene 定位到112个代谢途径分支，包括苯丙氨酸代谢通路、植物与病原物互作、植物激素生物合成和信号转导、黄酮类化合物合成、萜类骨架生物合成、脂类代谢、RNA 降解等。SSR位点查找发现，从81220个 unigene 中共找到22721个 SSR 位点。SSR 不同重复基序类型中，出现频率最高的为A／T，其次是 CCG／CGG 和 AGC／CTG。本研究首次对海滨雀稗转录组进行了分析，为草坪草的分子生物学研究提供了宝贵的基因组数据来源。