一株利奈唑胺耐药粪肠球菌的全基因组测序和序列比较

• 作者: 余治健 刘晓军 李多云 潘伟光 董琨 邓启文 郑金鑫 陈重
• 来源期刊: 中国热带医学
• 学科: 医学
• 关键词: 粪肠球菌 利奈唑胺 高通量测序 全基因组序列 致病岛
• 年，卷（期）: 2014,（10）
• 所属期刊栏目: 实验研究
• 页码范围: 1169-1171,1181
• 分类号: R515.9
• 语种: 中文

摘要

目的 研究利奈唑胺耐药粪肠球菌的全基因组序列,并探讨与其它肠球菌序列的差异.方法 从1例男性急性白血病患者的气管分泌物中分离到粪肠球菌株Deng1(Eecalis Deng1).通过Illumina Hiseq2000和Roche454 FLX+进行高通量全基因组鸟枪法测序(high-throughput whole-genome shotgun sequencing).基因组Contigs和scaffolds通过Newbler汇编软件分析.基因组gap closures通过Sanger测序法确定.通过Phred/Phrap/Consed软件构建圆环型的基因组图,并通过软件Prokaryote Genomes Automatic Annotation Pipeline (PGAAP)进行基因组注释.参考序列和粪肠球菌Deng1基因组之间的系统发育分析(phylogenice analysis)通过muscle软件分析.结果 E.fecalis Deng1圆环形基因组包含2,961,043碱基对,GC含量37.5％.基因组含有2 854个编码序列(CDS),62个tRNA的编码基因,以及4个完整的rRNA基因编码的操纵子.E.fecalis Deng1基因组共有443个毒力因子.E.fecalis Deng1基因组致病岛(PAI)约170kb,含有编码溶细胞毒素、肠球菌表面蛋白Esp和Gls-24-样蛋白等的毒力因子,E.fecalis Deng1含有对链霉素高水平耐药的氨基糖苷类6-腺苷酰转移酶基因(aadK),以及与抗生素耐药相关的emea,lsa和tetM基因.结论 完成了一株粪肠球菌完整基因组的测序分析,加深了对LZD耐药流行菌株的认识.