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Meta-Mesh——元基因组数据分析系统
Meta-Mesh——元基因组数据分析系统
作者:
宁康
宋宝兴
徐健
王雪涛
苏晓泉
马新乐
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
微生物群落
元基因组
数据库
数据挖掘
在线服务
相似性网络
摘要:
随着元基因组数据的不断增多,建立一个包含高品质的元基因组样本(也称为“微生物群落”)数据的集成化的分析平台成为可能,使得微生物群落样本能够被有效分析、比较与搜索,从中发现更加深入的生物学意义.然而,一方面目前大部分元基因组数据库仅仅提供了简单的数据存储,缺乏良好的样本注释或者仅仅提供了很少的分析功能.另一方面,用于计算微生物群落数据相似性的方法所能够接受的样本数据量非常有限.长期以来,科学家们一直在寻找有效的方法计算海量微生物群落之间的相似性,从而研究样本之间的相似度并发现元基因组数据信息的相关性.Meta-Mesh是一个全新的在线元基因组分析系统,它包括元基因组数据库和分析平台,可以对元基因组样本进行系统、有效地分析,并实现样本的群落结构比较和精确搜索.其中,元基因组数据库已经从公共领域和内部实验室收集了超过7 000个高品质、带有有效注释的样本.同时,Meta-Mesh的分析平台提供了多种在线分析工具,可以对元基因组样本进行群落的结构分析与注释,多角度比较,并能通过快速索引策略和群落结构相似性算法在数据库中高效搜索近似的样本.Meta-Mesh通过“人体微生物群落样本的数据库搜索识别”以及“基于相似度矩阵的样本的聚类”等一系列的元基因组研究案例证明了其分析方面的性能.作为一个在线的元基因组数据库和分析系统,Meta-Mesh将服务于元基因组样本的快速分析、识别、比对、搜索等相关领域.
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篇名
Meta-Mesh——元基因组数据分析系统
来源期刊
生物工程学报
学科
关键词
微生物群落
元基因组
数据库
数据挖掘
在线服务
相似性网络
年,卷(期)
2014,(1)
所属期刊栏目
生物信息学与计算生物学
研究方向
页码范围
6-17
页数
分类号
字数
语种
中文
DOI
10.13345/j.cjb.130429
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
徐健
中国科学院青岛生物能源与过程研究所
40
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2
王雪涛
中国科学院青岛生物能源与过程研究所
3
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2.0
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宁康
中国科学院青岛生物能源与过程研究所
4
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苏晓泉
中国科学院青岛生物能源与过程研究所
2
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宋宝兴
中国科学院青岛生物能源与过程研究所
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马新乐
中国科学院青岛生物能源与过程研究所
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研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
生物工程学报
主办单位:
中国科学院微生物研究所
中国微生物学会
出版周期:
月刊
ISSN:
1000-3061
CN:
11-1998/Q
开本:
大16开
出版地:
北京朝阳区北辰西路1号院3号中国科学院微生物研究所B401
邮发代号:
82-13
创刊时间:
1985
语种:
chi
出版文献量(篇)
4562
总下载数(次)
20
总被引数(次)
43879
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:
the National Natural Science Foundation of China
官方网址:
http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:
青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:
数理科学
国家高技术研究发展计划(863计划)
英文译名:
The National High Technology Research and Development Program of China
官方网址:
http://www.863.org.cn
项目类型:
重点项目
学科类型:
信息技术
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