基于生物信息学分析微小隐孢子虫含WD40结构域的蛋白功能

• 作者: 东方 井立鹏 张丽菊 张鲍欢 杨光 荆春霞 陈川 黄伟煌
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 学科: 医学
• 关键词: 微小隐孢子虫 WD40结构域 生物信息学分析 功能预测
• 年，卷（期）: 2014,（6）
• 所属期刊栏目: 实验研究
• 页码范围: 583-587
• 页数: 5页
• 分类号: R382.3
• 字数: 3995字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/cjz.j.issn.1002-2694.2014.06.008

摘要

目的 对微小隐孢子虫中含WD40结构域的蛋白进行生物信息学分析,分析该蛋白家族的WD40结构并预测其功能,为微小隐孢子虫基因功能的研究提供一定的基础理论.方法 通过隐孢子虫基因组数据库收集数据,获得微小隐孢子虫含WD40结构域蛋白家族的序列信息,搜索每个蛋白的CDD结构域并进行NCBI BLAST比对分析,确定为WD40结构域家族蛋白,分析结构域并预测功能.结果 在C.parvum Iowa Ⅱ中共搜索到50个含有WD40结构域的蛋白,其中cgd1_1930、cgd5_740和cgd4_3360含有CAF1C_H4-bd超家族结构,可能参与DNA修复和DNA复制过程;cgd4_260含有ACE1-Sec16-like超家族,可能参与囊泡的形成和物质运输;cgd1_2600含有TAF5 NTD2结构域,可能参与蛋白与蛋白的相互作用.结论 在微小隐孢子虫中,WD40蛋白家族不仅可能单独发挥作用,而且还能通过相互辅助、结合发挥其生物效应.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨光	暨南大学医学院	31	186	8.0	13.0
2	荆春霞	暨南大学医学院	91	1611	22.0	37.0
3	井立鹏	暨南大学医学院	4	23	3.0	4.0
4	黄伟煌	暨南大学医学院	4	23	3.0	4.0
5	张丽菊	暨南大学医学院	5	13	2.0	3.0
6	陈川	暨南大学医学院	6	13	2.0	3.0
7	张鲍欢	暨南大学医学院	3	18	2.0	3.0
8	东方	暨南大学医学院	2	10	2.0	2.0