基于高通量测序的辽东栎转录组学研究

• 作者: 刘玉林 张志翔 李伟
• 来源期刊: 生物技术通报
• 关键词: 辽东栎 Illumina Solexa 转录组 淀粉 SSR
• 年，卷（期）: 2014,（7）
• 页码范围: 119-124
• 页数: 6页
• 语种: 中文

摘要

应用Illumina Solexa Hiseq 2000高通量测序技术对辽东栎的芽、花、叶及果实的混合样品进行转录组测序，结果共获得3.8 Gb的有效数据。应用Trinity软件对有效序列从头拼接去重复后，共获得95800条unigene，总长度为73.57 Mb，最大长度、平均长度和N50分别为11284 bp、768 bp和1373 bp。利用Blastx与公共数据库Nr和Swiss-Prot的同源性比较（E值<1×10-5）发现，38163条unigene未发现与公共数据库中的序列具有同源性。通过KEGG数据库中参与淀粉合成与代谢的pathway分析，共发掘出67条参与淀粉合成的unigene，编码9个关键酶。此外，在13380条unigene中共搜索到15901个SSR位点，其中二核苷酸和三核苷酸的重复类型占所有SSR位点的98.16%。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李伟	北京林业大学生物科学与技术学院	58	746	13.0	25.0
2	张志翔	北京林业大学自然保护区学院	87	712	14.0	21.0
3	刘玉林	北京林业大学生物科学与技术学院	3	34	3.0	3.0