烟草ABF转录因子基因的克隆与生物信息学分析

• 作者: 吴玉乾 夏庆友 杨玲 王根洪 谢晓东
• 来源期刊: 烟草科技
• 学科: 农学
• 关键词: 烟草 ABF转录因子 分子克隆 生物信息学
• 年，卷（期）: 2014,（6）
• 所属期刊栏目: 烟草农学
• 页码范围: 73-81,92
• 页数: 10页
• 分类号: S572.01
• 字数: 6262字
• 语种: 中文

摘要

为获得烟草AREB/ABF(ABA响应元件结合蛋白/ABRE结合因子)家族转录因子基因序列,进一步提高烟草的抗渗透胁迫能力,通过同源比对和RT-PCR技术,从烟草品种红花大金元中克隆到烟草AREB/ABF家族转录因子NtABF1(GenBank登录号为KF736849),NtABF2(GenBank登录号为KF736850)基因编码序列,并进一步利用生物信息学分析软件对这两个转录因子的蛋白理化性质、高级结构和生物学功能进行了预测.结果表明:NtABF1基因开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)长999 bp,编码332个氨基酸,蛋白分子量36.45 kDa,等电点9.04;NtABF2基因ORF长1305 bp,编码433个氨基酸,蛋白分子量46.92kDa,等电点9.35.NtABF1和NtABF2均为含有BRLZ(Basic Region and Leucine Zipper)保守结构域的亲水蛋白,不含信号肽与跨膜结构.其高级结构均以α螺旋和无规则卷曲为主,β转角和延伸链含量较少.在亚细胞水平上,NtABF1和NtABF2均定位于细胞核.磷酸化位点分析表明,两蛋白均含有丝氨酸,苏氨酸和酪氨酸等激酶识别位点.进化分析和多序列比对结果表明,NtABF1与AtAREB3的进化关系最近,序列相似性达54.49％;NtABF2与SlAREB1,StABF1和StABF的亲缘关系较近,序列相似性分别为83.63％,83.52％和83％.功能预测结果显示,NtABF1和NtABF2均为转录调控因子.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	夏庆友	西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室	103	602	14.0	20.0
2	杨玲	重庆大学生命科学学院	20	160	8.0	12.0
3	王根洪	西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室	4	36	3.0	4.0
4	吴玉乾	重庆大学生命科学学院	2	9	2.0	2.0
5	谢晓东	重庆大学生命科学学院	1	2	1.0	1.0