杨树蛋白质二级结构的人工神经网络预测

• 作者: 孟庆玲 高光芹 黄家荣
• 来源期刊: 西北林学院学报
• 关键词: 杨树 蛋白质 二级结构 人工神经网络 预测
• 年，卷（期）: 2014,（5）
• 所属期刊栏目: 森林生物学
• 页码范围: 59-63,69
• 页数: 6页
• 分类号: S792.11
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-7461.2014.05.11

摘要

以PDB公用生物信息数据库为基础,用人工神经网络建模技术对杨树蛋白质二级结构预测模型进行了研究,这对深入认识森林动态机理、提高森林资源信息化管理水平、改进森林保护制药设计等具有重要的应用价值,对森林生物学、森林生物信息学的研究具有重要的学术意义.从公用数据库下载杨树蛋白质样本27个,提取氨基酸2 947个.用长度为17的滑动窗口截取蛋白质一级结构的氨基酸序列片段,并用[-1,1]编码方式进行编码,以组织输入向量,以片段中心氨基酸对应的蛋白质二级结构(螺旋、折叠、无规则卷曲)为输出向量,构建了结构为17∶S∶3的BP人工神经网络模型.用训练、测试样本对模型进行训练、检验,得出理想的模型结构为17∶9∶3,其总体拟合准确度为71％,总体预测准确度为65％,H的预测准确度达81％,比以往同类研究具有较高的预测准确度.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	高光芹		16	88	5.0	9.0
2	黄家荣		44	353	10.0	16.0
3	孟庆玲		6	32	4.0	5.0