山羊肌内脂肪细胞lncRNA鉴别及特征分析

• 作者: 付绍印 张文广 杜琛 郑竹清 阿娜
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: lncRNA 山羊 转录组 肌内脂肪细胞
• 年，卷（期）: 2014,（12）
• 所属期刊栏目: 遗传繁育
• 页码范围: 1924-1931
• 页数: 8页
• 分类号: S827|S813.3
• 字数: 3705字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2014.12.003

摘要

为了探讨长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)在山羊肌内脂肪细胞分化中的作用.本研究以山羊肌内脂肪细胞成熟前后转录组数据,结合CPC(Coding potential calculator)与CPAT (Coding-potential assessment tool)来预测lncRNA,并对其序列、结构与功能进行了分析.结果表明,通过预测得到1 472个山羊肌内脂肪细胞中表达的lncRNA,其中29个lncRNA在成熟前后具有显著差异.分析发现,山羊lncRNA转录本与开放阅读框(ORF)长度都短于mRNA,保守性低,其近端mRNA在机体免疫系统、脂质及脂质蛋白代谢、脂肪酸与甘油三脂等方面发挥着重要作用.通过生物信息学方法得到山羊肌内脂肪细胞增殖分化过程中差异表达的lncRNA主要在细胞分泌、生长调节和细胞形态变化等方面发挥着重要作用.这对于深入研究山羊lncRNA的生物学功能及其脂肪细胞分化机制具有重要意义.