基于全基因组重测序信息开发玉米H99自交系特异分子标记

• 作者: 吕远大 张晓林 李坦 石丽 赵涵
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 玉米H99自交系 高通量测序 电子PCR 多态性SSR
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 191-197
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1006.2014.00191

摘要

随着基因组测序技术和计算生物学的发展,利用生物信息学的方法大规模挖掘基因组特异分子标记已成为可能.玉米自交系H99具有较强的可再生能力,是玉米转基因研究的主要供体材料,但是目前对H99基因组信息了解甚少.本研究利用高通量Illumina测序技术,对H99全基因组进行重测序,利用生物信息学手段大规模挖掘并开发了4043个H99特异性的SSR分子标记.随后利用模拟PCR策略,对开发的SSR分子标记进行电子多态性筛选,针对B73×H99、Mo17×H99和B73×Mo17三个群体亲本组合共开发2699候选的特异多态性SSR分子标记.随机挑选20对SSR分子标记对群体亲本B73、H99和Mo17进行多态性筛选,进一步证实候选的多态性具有95％的准确率.此外,基于B73参考序列对开发的多态性SSR分子标记进行全基因组染色体定位及基因注释,揭示了候选多态性SSR分子标记在全基因组及基因内的分布特征.为玉米自交系H99开发了大量的分子标记资源,同时也为快速开发品种间多态性分子标记提供了一套高效可行的分析方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吕远大	江苏省农业科学院农业生物技术研究所	4	37	3.0	4.0
2	李坦	江苏省农业科学院农业生物技术研究所	4	45	3.0	4.0
3	张晓林	江苏省农业科学院农业生物技术研究所	4	47	3.0	4.0
4	赵涵	江苏省农业科学院农业生物技术研究所	10	91	6.0	9.0
5	石丽	扬州大学生物科学与技术学院	1	24	1.0	1.0