兰州大尾羊MAPK13基因cDNA克隆及生物信息学分析

• 作者: 冯玉兰 徐红伟 曹忻 杨具田 柏家林 臧荣鑫 蔡勇 达小强 金方园
• 来源期刊: 生物技术通报
• 关键词: 兰州大尾羊 MAPK13基因 cDNA 末端快速扩增 生物信息学
• 年，卷（期）: 2014,（8）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 94-101
• 页数: 8页
• 语种: 中文

摘要

克隆兰州大尾羊促分裂素原活化蛋白激酶MAPK13基因，并分析其序列及其编码蛋白的生物学特性，为研究绵羊MAPK13基因的功能和生产应用提供参考。根据绵羊MAPK13基因CDS序列设计特异引物，利用RACE和RT-PCR技术克隆获得兰州大尾羊MAPK13基因全长序列，并结合生物信息学方法分析其生物学特性。克隆获得兰州大尾羊MAPK13基因cDNA序列全长1397 bp，其CDS区片段长1102 bp，编码367个氨基酸。预测兰州大尾羊MAPK13蛋白分子量为42.29 kD，理论等电点为8.82，为非跨膜的疏水性蛋白，亚细胞定位主要在细胞质中，无信号肽，不属于分泌蛋白。预测其氨基酸序列有19个磷酸化位点，3个糖基化位点，3个磷酸化功能结构域，4个其他结构域，1个LCR片段，二级结构以α-螺旋为主。同源性分析显示兰州大尾羊MAPK13基因序列与已发布的绵羊MAPK13 mRNA序列（登录号：NM_001139455.1）相比，其第852位发生碱基转换（CA），导致编码蛋白第265位氨基酸发生碱基转换（ST），同时，第951位发生碱基转换（TG），但其所编码氨基酸不变。构建的基因进化树分析结果显示兰州大尾羊与牛亲缘关系最近。兰州大尾羊与其他物种MAPK13基因在结构上相似性较高，说明该基因具有高度的保守性，其序列包含的S_TKc结构域可将ATP的γ磷酰基转移到蛋白质丝氨酸/苏氨酸残基上，导致一系列肥胖相关基因的功能失调和表达变化，为进一步研究MAPK13基因与成脂分化过程的相关性提供了参考。