基于微量RNA高通量测序技术的牦牛MII期卵母细胞转录组研究

• 作者: 兰道亮 李键 林宝山 熊显荣 胡敏 苏小珊 陈亚冰
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 牦牛 卵母细胞 MII期 转录组 微量 高通量测序
• 年，卷（期）: 2014,（5）
• 所属期刊栏目: 遗传繁育
• 页码范围: 722-732
• 页数: 11页
• 分类号: S823.8+5.2
• 字数: 9205字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2014.05.007

摘要

旨在现有高通量测序的基础上,建立一种针对牦牛卵母细胞等微量样本的RNA高通量测序方法,为进一步研究牦牛卵母细胞的转录组学提供基础.以微量MII期牦牛卵母细胞RNA (10 ng)作为研究样本,应用SMART cDNA PCR扩增技术对样本进行富集并构建测序文库,再应用改进的RNA高通量测序技术对其进行高通量测序分析.经Illumina-Solexa深度测序后,得到了一个包含47 619 254条测序序列,4 Gb大小数据量的微量MII期牦牛卵母细胞测序文库.质量控制(Quality control,QC)及基本结果分析表明测序文库质量良好.基因组比对分析显示,共有15 626个牦牛基因被映射.此外,还获得了7 348个新的转录本.GO分类注释结果显示,共有13 795个比对上的基因参与了生物过程、细胞组分及分子功能3大主要类别.进一步富集分析显示,分别有333 134及113个GO类别在上述3大类中得到富集.KEGG通路分析结果显示,共有13 496个比对上的基因参与了258条通路,其中101条通路得到有效富集.本研究以牦牛卵母细胞为样本成功建立了一种起始RNA量可低至10 ng的微量转录组测序方法.该研究结果为进一步研究牦牛基因组提供了基础,同时也为研究牦牛MII期卵母细胞的分子机理提供了新的视角.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李键	西南民族大学青藏高原研究院	117	464	10.0	15.0
2	兰道亮	西南民族大学青藏高原研究院	46	196	7.0	10.0
3	林宝山	西南民族大学生命科学与技术学院	18	75	6.0	7.0
4	陈亚冰	西南民族大学生命科学与技术学院	22	91	6.0	8.0
5	熊显荣	西南民族大学生命科学与技术学院	39	109	6.0	7.0
6	胡敏		1	9	1.0	1.0
7	苏小珊		1	9	1.0	1.0