绒山羊肌内脂肪细胞成熟前后比较转录组分析

• 作者: 付绍印 孟宪然 张文广 李金泉 杜琛 萨仁 郑竹清 阿娜 高鸿雁
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 绒山羊 肌内脂肪细胞 高通量测序 可变剪接
• 年，卷（期）: 2014,（5）
• 所属期刊栏目: 遗传繁育
• 页码范围: 714-721
• 页数: 8页
• 分类号: S827|S813.3
• 字数: 4291字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2014.05.006

摘要

为了研究绒山羊肌内脂肪细胞在成熟前后差异表达的基因和主要信号转导通路,从而进一步筛选出与脂肪沉积相关的基因.本研究通过利用Illumina MiSeq对绒山羊肌内脂肪细胞在成熟前后转录组进行高通量测序,并用测序评估,基因功能注释,鉴定基因的可变剪接等生物信息学方法进行分析.组装后共获得93 930个con-tigs,N50为1 586 nt,通过CLCGenomicsworkbench6软件找到差异基因78个(Fold Change＞4,FDR＜ 0.01).这些差异基因基于GO功能注释可分为骨骼肌发育、胞外区、胰岛素样生长因子结合等46个分支,利用KEGG数据库作为参考,这些基因主要参与吞噬体、Ⅰ型糖尿病、风湿性关节炎等通路中.本研究中分析绒山羊肌内脂肪细胞中4种主要可变剪接类型,为A3SS(Alternative 3'splice site)、A5SS(Alternative 5'splice site)、SE(Exon skipping)和RI((Intron retention),其中A3SS最为普遍.高通量RNA-seq提供了全部转录本信息,获得了在肌内脂肪细胞增殖分化过程中有重要功能的基因,其中上调基因在与胰岛素样生长因子结合和糖尿病的代谢通路中有着重要的作用,为人们进一步研究绒山羊脂肪沉积的功能基因组学及优化山羊肉品质奠定基础.