nPME对GROMACS软件并行计算性能的影响分析

• 作者: 寇大治 左光宏
• 来源期刊: 计算机应用与软件
• 学科: 工学
• 关键词: 并行计算 分子动力学 Gromacs PME
• 年，卷（期）: 2014,（10）
• 所属期刊栏目: 软件技术与研究
• 页码范围: 13-15,40
• 页数: 4页
• 分类号: TP3
• 字数: 2478字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-386x.2014.10.003

摘要

在分子动力学并行计算的过程中，正确地处理好并行规模与PME（Particle-Mesh Ewald）方法的任务分配，对于提高分子动力学的并行效率具有非常重要的影响。以常用的分子动力学软件Gromacs[1-3]为例，利用上海超级计算中心“魔方”超级计算平台，就不同并行规模与不同PME任务分配方式下的计算性能进行测试。发现并行能在一定的范围内显著的提高Gromacs的计算效率，但是当并行规模超过一定值后，计算效率反而下降。另一方面，当并行规模较小时，不设置PME专属节点的计算效率较高；但当并行规模较大时，合理的设置PME专属节点，能显著地提高计算的效率。这一结果能对从事分子动力学模拟的研究人员合理分配并行资源提供帮助。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	寇大治		8	5	2.0	2.0
2	左光宏	复旦大学物理系理论生命研究中心	3	2	1.0	1.0