大鼠Pten和Runx3基因5'端非编码区序列的生物信息学分析

• 作者: 安静 彭继升 杨晋翔 贺梅娟 贾雪晴 魏玥
• 来源期刊: 山东医药
• 学科: 生物学
• 关键词: 生物信息分析 Runx3 Pten 5'端非编码区 大鼠
• 年，卷（期）: 2014,（12）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 10-13
• 页数: 4页
• 分类号: Q786
• 字数: 3687字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-266X.2014.12.004

摘要

目的 分析大鼠Pten和Runx3基因5'端非编码区(5'-UTR)序列的CpG岛、启动子及其转录因子结合位点.方法 通过NCBI获得大鼠Pten和Runx3基因全长序列及转录本,采用Blast中的可读框比对外显子、内显子及上游5'-UTR信息,所获得ATG上游2 kb、下游1 kb序列分别应用CpG island searcher软件、CpGPlot工具、Methprimer2.0工具预测CpG岛,NNPP工具、Promoter scan工具、FirstEF工具预测启动子,Matlspector、Match、Con-site预测启动子区域转录结合位点.结果 大鼠Pten基因和Runx3基因属于CpG岛关联基因,启动子可能分别位于-1 253 ～-684 bp和-690 ～-121 bp,Pten和Runx3基因在109和94种转录因子结合位点中,被≥2种软件共同预测有结合位点的转录因子分别有6和9种.结论 初步获得大鼠Pten和Runx3基因5'-UTR序列的生物学信息,为进一步基因调控甲基化实验验证奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	彭继升		29	258	7.0	15.0
2	安静		50	411	11.0	19.0
3	杨晋翔		83	712	14.0	23.0
4	魏玥		27	265	7.0	16.0
5	贺梅娟		11	143	6.0	11.0
6	贾雪晴		2	6	1.0	2.0