野三七转录组中SSR位点信息分析及其多态性研究

• 作者: 孟珍贵 张广辉 李翠婷 杨生超 陈军文 马春花
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 野三七 转录组 SSR信息 多态性 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2014,（10）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 1468-1472
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2014.10.021

摘要

目的 分析野三七Panax vietnamensis var.fuscidiscus(PVF)转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为野三七分子标记辅助育种提供有力工具.方法 利用MISA工具筛选了野三七转录组测序获得的126 758条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析;在此基础上利用Primer3设计SSR引物,并随机选择30对SSR引物对13株不同来源的野三七进行多态性扩增分析.结果 在野三七的转录组中,共搜索到21 320个SSRs,分布于17 780条unigenes,SSR位点出现频率为16.82％.SSRs位点中二核苷酸重复是主要类型,占总SSRs的52.52％;其次是三核苷酸重复基序(28.08％).SSRs所包含的重复基元中,二核苷酸重复基元AG/CT和AT/AT是优势重复基元类型,占总SSRs的46.25％.利用Primer3共设计出39 336对SSR引物.随机选择30对引物进行PCR扩增,其中29对(96.67％)扩增出清晰、可重复的条带,15对(50.00％)扩增条带表现出多态性.利用UPGMA作图,将13个材料分为2类.结论 野三七转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨生超	云南农业大学云南省优势中药材规范化种植工程研究中心	100	747	13.0	22.0
2	马春花	云南农业大学云南省优势中药材规范化种植工程研究中心	22	170	8.0	12.0
3	张广辉	云南农业大学云南省优势中药材规范化种植工程研究中心	20	156	6.0	12.0
4	陈军文	云南农业大学云南省优势中药材规范化种植工程研究中心	24	169	8.0	12.0
5	孟珍贵	云南农业大学云南省优势中药材规范化种植工程研究中心	15	103	6.0	10.0
6	李翠婷	云南农业大学云南省优势中药材规范化种植工程研究中心	1	55	1.0	1.0