不同发育时期花生胚混合全长cDNA文库的构建与分析

• 作者: 庄伟建 张冲 蔡铁城 邓烨 郑奕雄 陈华
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 花生 胚 cDNA文库 SMART技术 表达序列标签
• 年，卷（期）: 2014,（11）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 2272-2280
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2014.11.021

摘要

【目的】深入了解花生胚发育的分子机制，获得花生胚发育相关基因。【方法】以优质花生品种闽花6号为材料，分别取花生果针入土后10、20、30、40、50和60 d（day after pegging，DAP）的胚作为试验材料，用CTAB法提取花生胚总RNA，采用SMART（Switching Mechanism At 5’ end of RNA Transcript）技术合成双链cDNA，经SfiⅠ酶切后胶回收纯化双链cDNA，连接到质粒载体pDNR-LIB上，电击转化大肠杆菌DH5α感受态细胞，构建不同发育时期花生胚混合全长cDNA文库，进行小规模测序。采用生物信息学分析手段对所获得的EST进行功能注释。【结果】构建了不同发育时期花生胚混合全长cDNA文库，文库的库容为3.5×106 cfu/mL，重组率95.8%，插入片段长度在500-2000 bp，平均长度超过1000 bp。随机挑取60个克隆进行5′端测序，共得到60条高质量的EST序列，BLASTX结果显示，有39条序列（65%）与GenBank中大豆、花生、苜蓿等植物上已公布的序列有较高同源性，其中，有32条具有已知或推测的功能，7条序列功能未知。其余21条（35%）序列在NCBI的非冗余蛋白数据库中没有找到与之相匹配的序列，可能为花生新的EST序列。利用BLAST2GO对所得序列进行GO注释分析，结果表明，参与抗逆与防御、蛋白质合成与运输、油脂合成与代谢、转录与调控以及种子萌发、休眠、胚发育相关的基因比较丰富，还有部分基因参与信号传导以及光形态建成等过程。KEGG代谢途径分析表明，随机测序所获得的序列中主要包括α-亚麻酸代谢和亚油酸代谢。【结论】利用SMART技术成功构建了不同发育时期花生胚混合全长cDNA文库；小规模EST测序分析获得了部分与花生胚发育相关的基因，如亚油酸9S-脂肪氧合酶、油体蛋白、锌指蛋白、热休克蛋白90、胚胎发育晚期丰富蛋白、脂肪氧合酶以及DREB转录因子等。