半夏转录组中的SSR位点信息分析

• 作者: 姜倪皓 张广辉 张震 杨生超 沙本才 王森 陈军文
• 来源期刊: 中药材
• 学科: 医学
• 关键词: 半夏 转录组 SSR 位点信息
• 年，卷（期）: 2014,（9）
• 所属期刊栏目: 鉴别
• 页码范围: 1566-1569
• 分类号: R282.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.13863/j.issn1001-4454.2014.09.015

摘要

目的:分析半夏转录组中的SSR位点信息,并设计SSR引物,为开发新的分子标记奠定基础.方法:利用EST-trimmer和cross-match对转录组测序获得的unigene进行过滤,除去冗杂序列;利用MISA对无冗余unigene进行SSR搜索.结果:从搜索序列中发现14 468个SSR,分布于12 000条unigene中,出现频率为16.24％,分布密度为1/4.33 kb.二核苷酸和三核苷酸是主要重复类型,分别占SSR总数的51.15％和41.50％.AG/CT和CCG/CGG分别是二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元,分别占41.54％和11.84％.87.14％的基序长度集中在12～ 20bp.结论:半夏转录组SSR位点出现频率高、类型丰富、密度大、多态性潜能较高,在半夏遗传多样性研究、分子标记辅助育种、遗传图谱绘制等方面具有很大的应用潜力.