基于多态并行处理器的生物计算并行实现

• 作者: 刘玉荣 李涛
• 来源期刊: 计算机技术与发展
• 学科: 工学
• 关键词: PAAG多态并行处理器 并行算法 模体识别 最长公共子序列
• 年，卷（期）: 2014,（8）
• 所属期刊栏目: 智能、算法、系统工程
• 页码范围: 55-58,62
• 页数: 5页
• 分类号: TP301
• 字数: 4211字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-629X.2014.08.013

摘要

针对传统的生物计算中DNA序列保守序列的识别(模体识别)和最长公共子序列计算需要较大的数据量、计算量，以及功耗大等问题，文中提出了两种基于PAAG多态并行处理器的并行算法，该并行处理器能够支持数据、线程、指令多种并行。通过编程在PAAG多态并行处理的处理单元( PE)上开发了相应的串行和并行程序，将计算的不同过程分派到不同的处理单元( PE)上进行处理，实现了不同粒度算法的并行。实验结果表明，文中提出的并行算法使模体识别和最长公共子序列的计算效率得到明显提高。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李涛	西安邮电大学电子工程学院	66	277	9.0	13.0
2	刘玉荣	西安邮电大学电子工程学院	2	8	1.0	2.0