目的:探讨肠道病毒71型(EV71)与柯萨奇病毒 A 16型(Cox A16)实时荧光定量PCR检测在早期诊断手足口病(H FM D )中的意义,为临床治疗提供参考依据。方法对2012年3月-2013年6月157例疑似H FM D患儿的粪便、疱疹液、鼻咽拭子样本进行EV71、Cox A16、肠道病毒(EV )的实时荧光定量PCR检测,根据试剂说明书的标准判定;采用SPSS16.0进行数据分析。结果粪便中EV、EV71、Cox A16的检出率分别为94.09%、42.04%、38.85%,高于鼻咽拭子样本,差异有统计学意义(P<0.05);而粪便与疱疹液中EV、EV71、Cox A16的阳性率相比,差异无统计学意义。结论对 H FM D患儿早期诊断、早期治疗,应该首选粪便标本采用实时荧光定量PCR法检测EV、EV71、Cox A16。