基于多能干细胞的Alport综合征的microRNA差异性表达与碱基编辑功能分析

• 作者: 彭武建 戴勇 林小聪 陈文标
• 来源期刊: 广东医学
• 关键词: Alport综合征 微小核糖核酸 高通量测序 差异性表达 碱基编辑
• 年，卷（期）: 2014,（22）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 3484-3489
• 页数: 6页
• 字数: 3988字
• 语种: 中文

摘要

目的 分析Alport综合征(AS)的诱导多能干细胞(iPSCs)全基因微小核糖核酸(microRNA)的表达谱,筛选出具有差异性表达的microRNA与发生碱基突变的microRNA.方法 收集1例AS患者与1例健康人的尿液,从尿液中分离尿肾脏管细胞,尿肾脏管细胞分化诱导成iPSCs.运用高通量测序方法对iPSCs的microRNA进行测序与表达量测定,比较分析两人microRNA的表达差异,寻找具有特异性的microRNA靶点.同时,将mi-croRNA序列与miRBase数据库(http://www.mirbase.org/)中已知成熟microRNA序列进行比对,比较两标本mi-croRNA碱基编辑数量,找出发生了碱基突变的microRNA.结果 在两人标本中发现30个microRNA具有显著的差异性表达,其中19个microRNAs表达上调,11个microRNA表达下调.has-miR-3117-3p的倍比值(log2 Ratio)为7.79,在表达上调的microRNA最具有特异性;has-miR-544b的倍比值为-9.09,在表达下调的microRNA最具有特异性.同时在两标本中共有208个microRNA发生了碱基突变,其中104个microRNA,AS患者发生碱基编辑概率比健康人大;77个microRNA,健康人发生碱基编辑概率比AS患者大.结论 AS患者与健康人肾脏组织中的microRNA存在差异性,AS发生碱基编辑引起基因突变的microRNA比健康人更常见.这些差异性表达的microRNAs与microRNA碱基突变的概率可能在AS发病机制中起重要作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	林小聪	广东医学院生物化学研究所	34	123	6.0	9.0
2	彭武建	广东省深圳市第三人民医院内科	3	6	2.0	2.0