双软件多参数联合对草鱼同义密码子偏性的分析

• 作者: 屈慧鸽 张莉 王晓洁 肖波 迟晓艳
• 来源期刊: 中国农学通报
• 学科: 生物学
• 关键词: 草鱼 同义密码子 密码子偏爱性 最优密码子
• 年，卷（期）: 2014,（17）
• 所属期刊栏目: 水产—研究报告
• 页码范围: 39-45
• 分类号: Q527
• 语种: 中文

摘要

密码子偏性分析数据有助于被用来构建高效表达载体,提高外源基因在宿主体内的表达效率.为了解草鱼密码子使用情况,以便在草鱼中高效表达外源目标蛋白来预防草鱼疾病的发生,应用Codon W及CAIcal软件分析了草鱼(Ctenopharyngodon idella)基因组中的208个蛋白质的编码序列.通过分别计算密码子中各个位置的GC含量、密码子适应指数(CAI)、有效密码子数(ENc)、密码子偏爱指数(CBI)、同义密码子的使用频率、最优密码子使用频率(FOP)等,分析了草鱼的密码子使用偏性,确定了草鱼的最优密码子.结果显示,草鱼密码子第2位的GC含量明显低于第1、3位,第3位表现出对以G或C碱基结尾的密码子偏向使用;所确定的23个最优密码子中,除终止密码子是以碱基A结尾外,有18个以碱基G或C结尾,4个以碱基U结尾.所分析结果既可用于分析草鱼基因的组成结构,了解草鱼的分子进化状态,又可以通过所获的结果来指导对外源基因进行分子改造,提高外源基因在草鱼中的表达效率.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张莉	鲁东大学生命科学学院	66	310	9.0	14.0
2	肖波	鲁东大学生命科学学院	16	61	4.0	7.0
3	屈慧鸽	鲁东大学生命科学学院	72	330	10.0	15.0
4	王晓洁	鲁东大学生命科学学院	37	264	11.0	14.0
5	迟晓艳	鲁东大学生命科学学院	47	54	4.0	6.0