基于RiceWiki的水稻抗逆基因审编与分析

• 作者: 张烨 章张 陈玲玲
• 来源期刊: 计算生物学
• 学科: 经济
• 关键词: RiceWiki 审编 抗逆性
• 年，卷（期）: jsswx_2015,（3）
• 页码范围: 29-40
• 页数: 12页
• 分类号: F2

摘要

在中国,审编是一个新领域,对各种生物学信息进行审编是今后的发展趋势。本文收集了文献中耐盐、耐旱、耐热、耐寒、抗植株矮小、抗倒伏、抗白叶枯病、抗稻瘟病这8种水稻抗逆基因,共计500个。以RiceWiki为平台,对搜集的水稻抗逆基因进行审编,发布到RiceWiki上,并对搜集的500个基因进行了分析。首先分析了抗逆基因之间的蛋白互作,得到了61个蛋白质间的78个蛋白互作。共表达分析表明有明显共表达趋势的蛋白对占21.61%,进一步表明了这些抗逆基因编码的蛋白可以互作。最后,利用argiGO对GO富集度进行了分析,结果表明和压力相关的GO语义的显著性水平较高。