GPU 加速的并行模拟退火算法在蛋白质预测中的应用

• 作者: 刘新泽 杨辉 王丽美 钟一文
• 来源期刊: 宁夏大学学报（自然科学版）
• 学科: 地球科学
• 关键词: 蛋白质结构预测 模拟退火 GPU CUDA 并行计算
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 所属期刊栏目: 自动控制
• 页码范围: 140-145
• 页数: 6页
• 分类号: P458
• 字数: 4645字
• 语种: 中文

摘要

人类基因组测序工作初步结果显示，MSAPSO 算法在求解蛋白质折叠问题时具有不错的求解精度，但是算法执行的时间开销却令人难以接受。针对此问题，使用 CUDA 编程模型在 GPU 上实现 MSAPSO 算法（CUM-SA），利用 GPU 的计算能力，节省求解问题的时间成本。实验结果显示，CUMSA 对4条测试序列求解得到的解的质量相对较高，由得到的解的构象图可知，CUMSA 能够高效、正确地进行蛋白质折叠结构预测。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨辉	福建农林大学计算机与信息学院	4	26	2.0	4.0
2	钟一文	福建农林大学计算机与信息学院	59	596	13.0	23.0
3	王丽美	临沧师范高等专科学校数理系	10	9	2.0	2.0
4	刘新泽	临沧师范高等专科学校数理系	6	2	1.0	1.0