盘基网柄菌肌动蛋白的生物信息学分析

• 作者: 刘淑艳 李广 李玉 陈艳秋
• 来源期刊: 菌物学报
• 关键词: 黏菌 蛋白相互作用 基序分析
• 年，卷（期）: 2015,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 443-455
• 语种: 中文
• DOI: 10.13346/j.mycosystema.140025

摘要

盘基网柄菌Dictyostelium discoideum是目前黏菌中研究最清楚的模式生物,其捕食过程与肌动蛋白的多聚化密切相关.为探讨盘基网柄菌肌动蛋白的序列特征,本研究利用生物信息学方法分析了盘基网柄菌32条肌动蛋白的蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction)和可能含有的保守基序.结果表明:盘基网柄菌32条肌动蛋白与其他蛋白存在一组复杂相互作用关系和5组比较简单的相互作用关系;利用MEME SUITE分别分析盘基网柄菌32条肌动蛋白序列的保守基序和与actin17呈最佳匹配的21种生物肌动蛋白的保守基序,结果共获得6个保守基序,即motif1,motif2,motif3,Motif1,Motif2,Motif3.其中motif1,Motif1,Motif3为本研究新发现的保守基序,这3个保守基序可定位于Profilin-actin-VASP202-244 (PDB ID:3CHW)三维结构的重要位置.以上结果表明actin3,actin10,actin14,actin15,actin17,actin31可能为盘基网柄菌比较重要的肌动蛋白;motif1,Motif1,Motif3可能是盘基网柄菌肌动蛋白在进化中重要的保守基序.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李玉	吉林农业大学食药用菌教育部工程研究中心	419	4131	30.0	46.0
2	陈艳秋	延边大学农学院	64	717	14.0	24.0
3	刘淑艳	吉林农业大学食药用菌教育部工程研究中心	51	351	9.0	16.0
4	李广	吉林农业大学食药用菌教育部工程研究中心	6	9	2.0	2.0