尼克酰胺核苷构象稳定性的理论研究

• 作者: 李强根 薛英
• 来源期刊: 四川大学学报（自然科学版）
• 学科: 化学
• 关键词: 尼克酰胺核苷 构象稳定性 平滑势能面扫描 格子搜寻方法 密度泛函理论 从头算 Hartree-Fock方法 溶剂效应
• 年，卷（期）: 2015,（1）
• 所属期刊栏目: 化 学
• 页码范围: 123-133
• 页数: 11页
• 分类号: O641
• 字数: 5866字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0490-6756.2015.01.023

摘要

采用从头算(HF与MP2)和密度泛函理论(DFT)方法,在3-21G 和6-31+G?水平上研究了尼克酰胺核苷(NR)的构象.分别探讨了在气相及液相(水和氯仿)中 NR 分子和一水合物异构体的相对稳定性,分析了溶剂分子的参与对NR异构体的相对稳定性和几何结构参数的影响.结果表明：孤立的NR分子在气相中存在36种稳定构象,其中最稳定的为南式构象NR-S,而最稳定的北式构象为NR-K’,能量比前者高出10.6 kJ/mol (ΔG298K).NR 分子中酰胺基团优势构象为反式,ω,P 或γ参数的改变可以为 NR 分子提供大约8.4~23.7 kJ/mol(ΔG298K )稳定化能.不管是南式还是北式褶皱,最稳定 NR 分子构象中都存在多根分子内氢键,且5’-OH 基团都为顺式构象(γ≈-63°).溶剂效应使一部分NR分子构象相对稳定性降低,而一部分则升高,改变了NR分子各构象的相对稳定性顺序.水分子的加入与酰胺基团结合形成氢键,对NR分子的构型影响较大,而与糖环上羟基结合形成氢键,则影响较小.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	薛英	四川大学化学学院	38	141	7.0	9.0
2	李强根	四川师范大学化学与材料科学学院	8	3	1.0	1.0