“自顶向下(top-down)”的蛋白质组学——蛋白质变体的规模化鉴定

• 作者: 刘超 孙瑞祥 罗兰 贺思敏 迟浩
• 来源期刊: 生物化学与生物物理进展
• 学科: 工学
• 关键词: “自顶向下(top-down)”的蛋白质组学 串联质谱技术 生物信息学 蛋白质鉴定
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 所属期刊栏目: 综述与专论
• 页码范围: 101-114
• 页数: 14页
• 分类号: Q51|TP39
• 语种: 中文
• DOI: 10.16476/j.pibb.2014.0078

摘要

高分辨率质谱技术的快速发展使得“自项向下”的蛋白质组学(top-down proteomics)研究逐渐成熟起来.在完整蛋白质水平上研究蛋白质组可以提供更精准、更丰富的生物学信息,特别是对于蛋白质上发生了多种关联性的翻译后修饰的情况.另外,由于基因突变、RNA可变剪接和大量蛋白质翻译后修饰的存在,同一个基因往往最终会产生多个“蛋白质变体”(proteoform),而要准确地鉴定这些蛋白质变体,也离不开“自顶向下”的蛋白质组学.在蛋白质水平上的分离技术、质谱技术与生物信息学技术是完整蛋白质鉴定最关键的三项技术.高效的分离技术是实现规模化蛋白质变体鉴定的前提,有效的质谱碎裂是提供可靠鉴定的核心,而快速准确的质谱鉴定算法则是数据分析效率的保障.本文对这三项技术进行了详细总结,重点集中在生物信息学相关技术上,包括对完整蛋白质的质谱数据预处理、数据库搜索鉴定以及翻译后修饰定位等几个计算问题的讨论.