Perl语言整合5款软件进行真菌效应蛋白预测

• 作者: 冯世鹏
• 来源期刊: 生物技术通讯
• 学科: 生物学
• 关键词: 真菌 效应蛋白 预测 Perl语言
• 年，卷（期）: 2015,（5）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 697-703
• 页数: 7页
• 分类号: Q816
• 字数: 4725字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1009-0002.2015.05.025

摘要

目的:效应蛋白在真菌与植物互作过程中发挥了重要的作用,它由真菌分泌进入植物体内引起植物细胞结构和功能改变,使植物表现出抗性抑制病菌侵染或者加速病菌侵染表现为感病.效应蛋白的预测目前尚无公认的方法,我们拟建立真菌效应蛋白预测流程,供研究人员参考.方法:根据真菌效应蛋白无典型结构及属于胞外分泌蛋白的特点,利用Perl语言整合5款软件(SignalP、ProtComp、TMHMM、TargetP、WoLF PSORT),设计2种真菌效应蛋白预测方法.结果:对香蕉枯萎病菌蛋白质组进行测试,发现348个潜在效应蛋白,该结果与其他文献报道的结果一致.结论:建立了2种真菌效应蛋白预测流程,可供研究者选用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	冯世鹏	海南省热带生物资源可持续利用重点实验室海南大学农学院	2	2	1.0	1.0