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玉米弯孢叶斑病菌全基因组分泌蛋白的预测与分析
玉米弯孢叶斑病菌全基因组分泌蛋白的预测与分析
作者:
李雅乾
陈捷
高士刚
高金欣
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
玉米弯孢叶斑病菌
基因组
分泌蛋白
信号肽
摘要:
为深入了解玉米弯孢叶斑病菌致病的分子机制,采用信号肽分析软件SignalP 4.1与PSORTb 3.0.2、跨膜螺旋结构分析软件TMHMM 2.0与THUMBUP、GPI锚定位点分析软件big-PIPredictor和亚细胞器蛋白定位分析软件TargetP 1.1这6款软件综合预测该菌全基因组中10 372条蛋白序列,并对筛选出的分泌蛋白信号肽基本特征进行分析.结果表明,在玉米弯孢叶斑病菌全基因组编码蛋白中共发现804个具有典型信号肽的分泌蛋白,占全基因组蛋白总数的7.8%;编码这些蛋白的开放阅读框最小为219 bp,最大为7 113 bp,平均为1 252 bp;引导它们的信号肽长度分布在13 ~ 37 aa之间,平均为19 aa.信号肽中出现频率最高的氨基酸依次为丙氨酸、亮氨酸和丝氨酸.信号肽切割位点与根癌土壤杆菌、粗糙脉孢霉和马铃薯晚疫病菌一样,同属于A-X-A型.70个具有功能描述的分泌蛋白主要是和细胞代谢与转运、信号转导有关的酶类;还有一些降解细胞壁组分及与致病相关的酶类,可能与玉米弯孢叶斑病菌的毒性有关.
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文献信息
篇名
玉米弯孢叶斑病菌全基因组分泌蛋白的预测与分析
来源期刊
植物保护学报
学科
关键词
玉米弯孢叶斑病菌
基因组
分泌蛋白
信号肽
年,卷(期)
2015,(6)
所属期刊栏目
玉米病虫害防治专辑
研究方向
页码范围
869-876
页数
分类号
字数
语种
中文
DOI
10.13802/j.cnki.zwbhxb.2015.06.002
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玉米弯孢叶斑病菌
基因组
分泌蛋白
信号肽
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
植物保护学报
主办单位:
中国植物保护学会
中国农业大学
出版周期:
双月刊
ISSN:
0577-7518
CN:
11-1983/S
开本:
16开
出版地:
北京中国农业大学农学与生物技术学院
邮发代号:
82-620
创刊时间:
1962
语种:
chi
出版文献量(篇)
2841
总下载数(次)
3
总被引数(次)
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植物保护学报2015年第5期
植物保护学报2015年第4期
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